郑锦此次出征的目标，说白了就是拿下两座城堡：热兰遮城、普罗文查城（赤坎城）。
这里海岸曲折，两城之间有一个内港，叫做台江内海，
台江西南面有七座山屿相连，叫做七鲲身，每座山屿相距1里多，彼此毗连环护。一鲲身北面隔海有北线尾小岛，
其间海面叫大员港（又称安平港），北线尾北侧为鹿耳门港。
热兰遮城就在台江西侧的一鲲身岛上，赤坎城则在台江东侧的台湾本岛上，两者互为犄角。
从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲身岛之间；
另一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即鹿耳门航道。
南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，
外敌若是想从南航道进入台江，非得经过一番血战才能通过，需付出的代价绝对不少。
而北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。
1627年，荷军曾在北线尾岛北端建有热堡，1656年在一次台风中倒塌后，那座堡垒便不再派军防守。
荷军认为，凭此天险，只要用舰船封锁南航道海口，与热兰遮城、赤嵌城的炮台相配合，就足以阻止郑军登陆。
但他们没想到，郑锦最终却选择了在鹿耳门港突入，
一是他掌握了该地的潮汛规律，即每月初一、十六两日大潮时，水位要比平时高五六尺，大小船只均可驶入，
二是郑锦早已探测了从鹿耳门到赤嵌城的港路。
二月初一中午，鹿耳门海潮果然大涨！
郑锦命令众将士按图迂回而进，
郑军大小战舰顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路：一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港（今台南市禾寮港街）登陆。
热兰遮城内的荷军原以为中国船队必从南航道驶入，看见郑军出现后，便忙于用大炮拦截，
未料到郑军却躲开了他们火力，船队从鹿耳门驶入台江，完全在他们的大炮射程之外，
荷兰侵略者面对浩浩荡荡的郑军船队，骇为兵自天降，顿时有些束手无策。
郑军船队沿着预先测度好的港路鱼贯而人，一下便切断了热兰遮城与赤嵌城荷军的联系，迅速于禾寮港登陆，并立即在台江沿岸建立起滩头阵地，准备从侧背进攻赤嵌城。
郑锦随后命王启年统率在北线尾登陆的一支军队，驻扎于鹿耳门，以牵制荷军的兵船，兼防北线尾。
值得一提的是，接应郑军登陆的，除了汉人外，还有数前本地土著。
郑锦在台湾北部，对土著的态度向来比较强硬，
但对南部的土著，他则打算以怀柔为主。
这是因为他现在所面临的局面，跟此前相比已截然不同了。
他刚带人到淡水落脚时，真可谓是筚路蓝缕，一些土著部落的实力都比他们强，既严重缺乏人力，又要抢夺生存空间，自是要血腥多手段一些。
而现在人力的问题，显然已不是很紧迫了，
而且郑锦现在最主要的敌人还是清军，实在不愿跟土著做过多的纠缠，白白浪费精力。
再加上荷兰人在台南对土著施行十分残酷的政策，双方有合作的基础在，郑锦便派了人前去联络
郑军顺利登陆后，揆一妄图凭借其船坚炮利和城堡坚固，分三路向郑军实施反扑：
一路分战舰向停泊在台江的郑军船只进攻，一路由贝德尔上尉（又名拔鬼子）率兵240人抵抗从北线尾登陆的郑军，
一路由阿尔多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。
海战方面，
他们以最大的赫克托号为先导，带领五艘战舰及十余艘中小型战船，打算凭借火炮等装备的优势首先向郑军舰船开炮。
以赫克托号为主的六艘战船，火炮装载的数量十分惊人，多达60～80多门火炮，
如果对上郑家传统的那种仅有前后两门火炮的舰船，只这么三五艘，就绝对足以碾压了。
然而郑锦基隆造船厂生产的舰船，装载的火炮数量也是不少的，
虽然远没荷兰这六艘主力战舰那么夸张，但有那么十几艘火炮数也有个二三十门，
所以荷兰战船的火力，此时对上郑军，其实并没有什么太大的优势。
轰轰轰！
战况一开始便非常激烈，发射炮弹的硝烟弥漫，以致在稍远的地方，都无法辨认双方船只。
郑军的战舰在制造和装备的火炮上虽稍逊于敌舰，但他们个个奋勇争先，利用自己在数量上的优势四面围攻荷舰。
突然，一声惊天巨响传来，海面上燃起了一阵浓烟，
郑锦耳朵几乎都快被震聋了，精神稍定后，惊喜的发现荷军的赫克托号竟烧起了熊熊大火！
原来，是一艘郑军舰船上，王承柱发射的大炮射中了赫克托号的弹药仓，从而引起了强烈爆炸，
赫克托号连同所载的荷兰军士卒，瞬间葬身海底。
不久后，另一艘荷舰斯·格拉弗兰号也被郑军用火船引燃，仓皇逃离，
其余的船只见此，纷纷四散奔逃，但被郑军舰船紧紧包围。
郑军用五六只大帆船尾追格拉弗兰号和白鹭号，展开接舷战、肉搏战。
英勇的郑军士兵冒着敌人的炮火，爬上格拉弗兰号，砍断船靠，又用铁链扣住敌舰船头斜桅，放火焚烧。
格拉弗兰号和白鹭号受重创挣脱逃跑，通信船伯玛丽亚号战败后逃往巴达维亚。
这场海战，最后以荷方惨败而告终。
陆上的战斗情况也差不多。
荷方派贝德尔上尉（又名拔鬼仔，率领二百四十名精兵出击。
贝德尔这人刚从荷兰本土调来大员不久，心中对郑军的实力持有西方传言一贯的偏见，他认为中国人都是胆小如鼠，根本不足为虑。
虽然左右的副官一直在劝告他，这支郑军很不一样，不仅数量众多，且火器的使用率不低。
但贝德尔还是认为：
不管他们有多少人，只要放一阵排枪，打中其中几个人，其余的便会吓得四散逃跑，全部瓦！
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