当大顺军的东西两路大军合流时，湖北清军主力已经北返，湖南明军远不是大顺军对手，
他们完全可以以大顺军的兵力，迫使南明当局合作，凭借湖广地区的人力、物力资源，在抗清斗争中重振雄风。
然而，由于大顺军各部的离心倾向，使他们彷徨失所，在明清之间举棋不定。
明、清双方鉴于自身兵力不足，又耽心大顺军危及自己的辖区，都想加以笼络。
清朝湖广当局多次派人招抚，大顺军也虚与委蛇，以受抚为名讨荆州、湖南，作为安顿之地。
但荆州的久攻不下，使得大顺军军心离散，不少将领最终离去，现在了投降清朝。
最后，清方主力南下后，坚持要李过、高一功等人剃头表达归顺的真心，李过等人却坚决拒绝了。
那时，招抚与受抚的表面文章再也掩盖不了互为敌国的严酷立场。
李过、高一功等一大批大顺军将领，最终还是出于民族大义，终于同南明隆武政权达成了共同抗清的协议。
经过激烈的朝堂争辩，隆武帝最后决定封李过为兴国侯，挂龙虎将军印，改李过名为李赤心，高一功名为高必正，所部称为忠贞营。
隆武朝廷是南明政权中，第一个同农民军联合抗清的，这一策略无疑是高明而有远见的。
像之前占据了半壁江山的弘光一朝，地域辽阔，物产丰盈，兵员及后备力量最大，
结果弘光一朝却采取了联虏平寇方针，竟联合已经入关的清军一起攻打大顺政权，以致数十万官军叛降清朝，反过来为满洲贵族征服江南各地效犬马之劳。
或许也正是因为清军得江南的过程出乎意料的顺理，才会在统治不稳的情况下，就强行推行剃发令，经行残暴统治，埋下了诸多的隐患
李过、高一功等改编为忠贞营后，联合南明继续攻打湖北，计划是忠贞营打荆州，南明打岳州等地，另外还有驻扎在武昌的马进忠、王允成，三方计划会师于岳州。
南明派出了重臣何腾蛟与监军道章旷，统兵两万出征。
那时，清廷在湖北根本没多少兵力，于是便向南京的平南大将军、贝勒勒克德浑求援，
勒克德浑也没多少兵力可以调动，只勉强派遣了护军统领博尔惠领一支数量不多的兵马南下。
然而，那时的南明大将张先璧借口购买的马匹未到，逗留不进，诸镇亦复观望。
几天以后，进驻岳州的马进忠、王允才、卢鼎、王进才四镇听说清满洲八旗兵来袭岳州，竟然不顾汛地，乘船南逃。
岳州副将马蛟麟，则干脆向兵力还没自己多的清将博尔惠投降。
何腾蛟、章旷在途中忽然遇着南窜的四镇兵，询问原因后，都传是平南大将军勒克德浑大军迫境。
其实，博尔惠带领的只是由南京来援的一小部分满军，
然而马进忠等人误认是清朝贝勒大军将到，拔营就跑；
而何腾蛟、章旷面见四将后，不仅没有查明清方兵力和作战意图，鼓励将士继续北进，同样也被满洲兵威的虚声所吓倒，仓惶退回了长沙。
如此一来，还逗留在湖北的，就仅剩下已围攻荆州多时的李过、高一功等人了。
得知这情况后，清平南大将军勒克德浑仿佛看到了一块到嘴边的肥肉，
他于是立即抽调了一切可调动的兵力，领兵千里奔袭，直扑荆州而去。
李过等人以为岳州一带有何腾蛟指挥的军队，不会有东顾之忧，注意力全部集中于荆州，结果突然遭到清军主力偷袭，自是一败涂地。
之后，李过等人被迫退入川鄂交界的贫瘠山区，日益困窘。
之后到了1648年，忠贞营响应南明号召，攻打湖南长沙，
然而在即将克复长沙时，何腾蛟却急于争功，竟不顾一切，以督师阁部的权力，下令把即将攻下长沙的忠贞营调赴江西，
表面上，何腾蛟的理由是派他们解救被谭泰、何洛会部清军包围在南昌的金声桓、王得仁；
实际上，何腾蛟是要让自己直接节制的南明杂牌军队来抢夺收复长沙的大功。
而既可笑又可悲的是，等忠贞营怅怅然带兵离开后，清廷却派了和硕郑亲王济尔哈朗统率满、汉大军向湖南推进。
忠贞营是1648年十一月十六日无奈撤离长沙的，到了1649年的正月，济尔哈朗统率的大军已进入湖南，何腾蛟却还没开始攻打长沙。
等得知济尔哈朗大军进入湖南后，之前不停向朝廷要钱要粮的何腾蛟部下诸将，都成了惊弓之鸟，纷纷拉起队伍就跑。
1649年正月二十日，清军在济尔哈朗统率下，几乎没有遇到任何抵抗，就攻占了湘潭城，活捉了何腾蛟。
不久后，何腾蛟因拒绝投降被杀，永历朝廷追赠他为中湘王，谥号为文节。
何腾蛟被俘后坚贞不屈，保持了民族气节，应当肯定。但纵观他的一生却是成事不足，败事有余。
弘光时期，他受制于左良玉，无所作为。
隆武时期，他伙同湖北巡抚章旷排挤大顺军余部，收罗一批散兵游勇充当嫡系，又无将将之能，造成刘承胤、曹志建、黄朝宣等割据跋扈的局面。
而隆武帝的遇难，何腾蛟也负有不可推卸的责任。
反攻湖南之役，取得节节胜利之际，作为全军统帅的何腾蛟却处处私心自用，唆使郝永忠偷袭反正来归的陈友龙部，挑起明军自相残杀，给清军以喘息之机；
之后，他又悍然调走围攻长沙的忠贞营，一手断送了复湘援赣的战略大局，卒至以身予敌。
南明之不振，用人不当是个重要原因。
何腾蛟这人死不足惜，被他连累的百姓军民，却不知凡几。
比如他最后被俘的湘潭城，还因他的无能而惨遭屠城，
根据当时逃到乡下的文人汪辉记载：清军从正月二十一日开刀，屠至二十六日封刀，二十九日方止
而忠贞营去往江西途中，已得知南昌失守，数万人处于饥寒交迫、进退失据的困境之中，经广东北部流落至广西。
1650年，李过因水土不服，病死于军中，其部由养子李来亨继承。
由于继续受到永历朝廷的猜忌，忠贞营在广西难以立足，于是在1650年十二月开始由南宁北上，最终到了夔东地区，同刘体纯、袁宗第、郝摇旗等大顺军旧部靠拢，
这，便是大顺军最后的残余势力——夔东十三家了。
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